細菌微生物檢測儀基于螢火蟲發光原理，利用“熒光素酶—熒光素體系”快速檢測三磷酸腺苷(ATP)。ATP拭子含有可以裂解細胞膜的試劑，能將細胞內ATP釋放出來，與試劑中含有的特異性酶發生反應，產生光，再用熒光照度計檢測發光值，微生物的數量與發光值成正比，由于所有生物活細胞中含有恒量的ATP，所以ATP含量可以清晰地表明樣品中微生物與其他生物殘余的多少，用于判斷衛生狀況。
標本采集后，ATP采樣棒應浸泡在能將細胞內ATP釋放出來的容劑中。而后細胞內部釋放出的ATP、以及ATP采樣棒從物體表面抹取的ATP再和*的液體試劑一起反應。檢測的液體試劑含有兩種螢火蟲酶---熒光素和熒光素酶，蟲熒光素和蟲熒光素酶在ATP存在的條件下會發光。發出的光可由ATP熒光儀進行檢測。檢測的發光量與ATP的總量成正比。數值越高，表明ATP的量越多，也就意味著表面的殘留物越多。
細菌微生物檢測儀六個特性：
實用性 —— 可根據環境檢測需求設定上下限值，做到數據快速評估預警，表面潔凈度快速篩查。
靈敏度高 —— 10-15～10-18 mol
速度快 —— 常規培養法18-24h以上，而ATP只需要十幾秒鐘 .
可行性 —— 微生物數量與微生物體內所含ATP有明確的相關性。 通過檢測ATP含量，可間接得出反應中微生物數量
可操作性 —— 傳統培養方法需要在實驗室由經過培訓的技術人員進行操作；而ATP快速潔凈度檢測操作非常簡便，只需簡單的培訓即可由一般工作人員進行現場操作。
體驗更好 —— 試子套管采用插拔式靈活設計，可定期清洗長期使用，延長儀器壽命。
